يعتبر التلوث الميكروبي للمياه السبب الرئيسي في انتشار وباء السالمونيلا والالتهاب الكبدي.
ومياه الصرف الصحي تضم اعدادا هائلة من الكائنات الدقيقة مثل البكتيريا والفيروسات والطفيليات، التي تنقل الكثير من الامراض.
وتلعب الكائنات الحية الدقيقة دورا في تحولات الميثان والكبريت والفوسفور والنترات، فبكتيريا التعفن تنتج الامونيا التي تتأكسد الى نترات وتكون ما يعرف باخضرار الماء وتظهر على شكل طبقة خضراء من الاعشاب على سطح خزانات المياه والبحيرات وشواطئ البحار، واكثر ما تكون في المياه الراكدة وتسبب اعاقة تسرب الاوكسجين الى الماء.