أتاح القرار الذي أصدره مجلس الوزراء بشأن نظام الجامعات الجديد لمجلس شؤون الجامعات اختيار ثلاث جامعات مرحلة أولى على الأكثر ليُطبق عليها النظام بعد نفاذه، ومن ثم يُطبق على الجامعات الأخرى تدريجياً بأمر من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح من مجلس شؤون الجامعات.
وتضمن القرار أن يرفع المجلس إلى المقام السامي تقريراً كل (سنتين) عن نتائج تطبيق النظام، وما يتضمنه من إيجابيات أو صعوبات، أو غيرها إن وجدت، على أن يستمر تطبيق الأنظمة واللوائح المعمول بها حالياً -بما فيها نظام مجلس التعليم العالي والجامعات الصادر بالمرسوم الملكي رقم (م/8) وتاريخ 1414/6/4- على الجامعات غير المشمولة بتطبيق النظام إلى حين شمولها به وأن يمارس مجلس شؤون الجامعات صلاحيات مجلس التعليم العالي (الملغى) الواردة في نظام مجلس التعليم العالي والجامعات الصادر بالمرسوم الملكي رقم (م/8) وتاريخ 1414/6/4 على الجامعات التي ستستمر في تطبيق ذلك النظام.
وتضمن القرار منح الجامعات التي سيطبق عليها النظام ابتداءً وفقاً لما ورد في البند (ثالثاً) من هذا القرار مدةً انتقاليةً (سنة) من تاريخ نفاذ النظام، بحيث يستمر خلالها العمل باللوائح الجامعية الحالية إلى أن يُصدر مجلس شؤون الجامعات اللوائح المالية والإدارية والأكاديمية للجامعات، لتتوافق مع أحكام النظام، وبما لا يخل بسلطة مجالس الأمناء في الإشراف على الجامعات، ولمجلس شؤون الجامعات زيادة المدة الانتقالية لتلك الجامعات أو بعضها على ألا يتجاوز التمديد ثلاث سنوات من تاريخ انتهاء المدة الانتقالية المحددة بسنة، على أن يستمر موظفو الجامعات التي سيطبق عليها النظام وفقاً لما ورد في البند (ثالثاً) من هذا القرار بمن فيهم أعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم، والإداريون، والفنيون، الذين هم على رأس العمل وقت نفاذ النظام، على أنظمتهم الوظيفية التي يخضعون لها ويقترح مجلس شؤون الجامعات الخيارات والترتيبات اللازمة لمعاملتهم، بما فيها تحويلهم إلى نظام العمل، وبما لا يؤثر على حقوقهم المالية المكتسبة، ويرفع بذلك لإكمال اللازم في شأنه وأن يحدد مجلس شؤون الجامعات بالاتفاق مع وزارة المالية، أوجه الصرف من الإعانة التي تقدم للجامعات التي سيطبق عليها النظام الجديد وأن تلتزم الجامعات بما يخصص لها ضمن أسقف الميزانية المحددة لها على أن ينتهي عمل اللجنة (المؤقتة) المشكلة بقرار مجلس الوزراء رقم (409) وتاريخ 1436/9/12 من تاريخ مباشرة مجلس شؤون الجامعات لمهماته وفقاً لما ورد في البند (ثانياً) من هذا القرار.